Monitorovací stanice (tok - stanice) Balinka - LG Baliny Besének - LG Lomnička Bečva - LG Dluhonice Bečva - LG Teplice nad Bečvou Blata - LG Klopotovice Bobrava - LG Želešice Branná - LG Jindřichov Brumovka - LG Brumov Bystřice - LG Vír Bystřička - LG Bystřička - odtok Bystřička - LG Bystřička - přítok Bělá - VD Boskovice odtok DM náhon - LG Dyjákovice DM náhon - LG Krhovice náhon Desná - LG Šumperk Dyje - LG Břeclav město Dyje - LG Břeclav rameno (Poštorná) Dyje - LG Hardegg Dyje - LG Hevlín Dyje - LG Ladná Dyje - LG Nové Mlýny Dyje - LG Podhradí nad Dyjí Dyje - LG Vranov-Hamry Dyje - LG Znojmo - odtok Dřevnice - LG Kašava Dřevnice - LG Slušovice - odtok Dřevnice - LG Slušovice město Dřevnice - LG Zlín Fryštácký potok - LG Fryšták - odtok Fryšávka - LG Jimramov Fryšávka - LG Kadov Haná - LG Vrchoslavice Hloučela - LG Plumlov - odtok Hloučela - LG Soběsuky Hodonínka - LG Štěpánov nad Svratkou Hučivá Desná - LG Kouty nad Desnou Jevišovka - LG Hrušovany nad Jeviš. Jevišovka - LG Plaveč Jevišovka - LG Výrovice Jevišovka - VD Jevišovice odtok Jihlava - LG Batelov Jihlava - LG Dvorce Jihlava - LG Ivančice Jihlava - LG Mohelno Jihlava - LG Ptáčov Jihlava - LG Přibice Juhyně - LG Rajnochovice Kolelačský potok - VD Bojkovice odtok Kyjovka - LG Koryčany - odtok Kyjovka - LG Koryčany - přítok Kyjovka - LG Lužice Křetínka - LG Letovice - odtok Křetínka - LG Prostřední Poříčí Křetínka - LG Svojanov Litava - LG Brankovice Ludkovický potok - VD Ludkovice odtok Luhačovický potok - LG Polichno Luhačovický potok - VD Luhačovice odtok Luhačovický potok - VD Luhačovice přítok Lutonínka - LG Vizovice Malá Haná - LG Opatovice – odtok Maršovský potok - VD Hubenov odtok Maršovský potok - VD Hubenov přítok Morava - LG Kroměříž Morava - LG Lanžhot Morava - LG Moravičany Morava - LG Olomouc Morava - LG Raškov Morava - LG Spytihněv Morava - LG Strážnice Morava - LG Vlaské Morava - Otrokovice – lávka Moravská Dyje - LG Dačice Moravská Dyje - LG Janov Moravská Sázava - LG Lupěné Moravská Sázava - LG Žichlínek Moravská Sázava - LG Žichlínek – odtok Nedvědička - LG Rožná Olšava - LG Míkovice Olšava - LG Uherský Brod Oslava - LG Dolní Bory Oslava - LG Mostiště - odtok Oslava - LG Náměšť nad Oslavou Oslava - LG Oslavany Oslava - LG Velké Meziříčí Pstruhovec - LG Landštejn – odtok Radějovka - LG Petrov Rokytná - LG Moravský Krumlov Rožnovská Bečva - LG Horní Bečva - odtok Rožnovská Bečva - LG Valašské Meziříčí Rusava - LG Chomýž Rusava - LG Třebětice (ČHMÚ) Salaška - LG Velehrad Stanovnice - LG Karolinka - odtok Svitava - LG Bílovice nad Svitavou_FM Svitava - LG Hradec nad Svitavou Svitava - LG Letovice Svratka - LG Borovnice Svratka - LG Brno-Poříčí Svratka - LG Dalečín Svratka - LG Veverská Bítýška Svratka - LG Vír - odtok Svratka - LG Židlochovice Třebůvka - VD Moravská Třebová přítok Velička - LG Hranice Velička - LG Velká nad Veličkou Vlára - LG Popov Vsetínská Bečva - LG Jarcová Všeminka - LG Slušovice Vápovka - LG Červený Hrádek Želetavka - LG Jemnice Želetavka - LG Vysočany Řečice - VD Nová Říše odtok